三體系的建立，有效促進了質量、環境、職業健康安全工作。在運行管理中，我們按照體系標準、體系要素和法律法規的要求，針對生產工藝流程中可能發生的質量、環境、安全等問題，實施全員、全方位、全過程的運行控制，運用PDCA運行模式的手段和方法，強化管理，持續改進，使企業管理不斷上水平。同時，在運行中我們也發現以下問題：

1、同一部門在工作中執行三套體系，造成職責不一致、行動不統一。

2、在同一生產工藝流程、統一工作程序上三套體系文件中均有要求時，造成重復性開展、重復記錄。

3、內部審核時，三套體系單獨進行，形成同一記錄、同一工作重復審核。

4、管理評審時，三套體系單獨進行，增加評審次數和會議次數，評審的質量和效果不太理想。

5、三個體系在貫標認證初始編制的體系文件，在某些方面與生產經營實際不符，造成“兩張皮”現象。

6、對三個體系知識培訓的力度不夠，領導作用、全員參與的重視程度上還存有差距。

7、傳統管理的決策、方法上的習慣性，時有與三套體系的相關要求不一致現象，部分管理者和員工不能正確認識和使用三套體系這個工具，運用到生產經營的全過程即質量、環境、職業健康安全的各個方面中去。